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Il Manga di Mai-HiME, sebbene ciò possa sembrare strano, segue una storia molto differente rispetto a quella dell'anime.

Innanzitutto, il manga è decisamente più breve rispetto alla serie tv. Si compone infatti di appena 5 tankobon, numero piuttosto limitato se paragonato a quello di molti altri manga. Ha quasi dello straordinario che siano riusciti a tirar fuori da una simile base, seppur rimaneggiandola molto e praticamente riscrivendo da capo sia i personaggi che l'intreccio, una storia da 26 episodi. Fra le varie cose, comunque, ciò che salta immediatamente all'occhio sfogliando le pagine del manga è la presenza di molti nudi, a testimoniare un'ingente quantità di fanservice, simile a quella degli extra dei dvd di Mai-HiME.

Per quanto riguarda le maggiori differenze fra manga ed anime, possiamo evidenziare alcuni punti in particolare:

- nell'anime, Mai è già una studentessa del Fuuka Gakuen quando fa la sua comparsa Tate, vero protagonista del fumetto. I loro ruoli sono praticamente scambiati.

- Mai è già a conoscenza dei suoi poteri di Hime, così come della presenza degli Orphan nei pressi dell'accademia.

- Nel manga, a differenza dell'anime, non esiste il concetto di MIP (Persona più importante), quanto piuttosto quello di Persona Chiave per l'evocazione del Child. Qui, infatti, il Child non può essere evocato dalla sola HiME, ma è bensì necessario che la "chiave" entri fisicamente in contatto con lei.

- Dopo l'evocazione del Child, la Chiave deve rimanere nei pressi della HiME perché il Child non sparisca nel nulla. Ogni coppia, composta da una Chiave ed una HiME, ha un diverso raggio d'azione entro il quale i due possono muoversi mantenendo l'evocazione del Child. Le dimensioni del raggio d'azione variano da coppia a coppia.

- Un individuo può essere la chiave di più HiME. Tate, per esempio, è sia la chiave di Mai che di Natsuki.

- Mai e Natsuki si contendono Tate anche dal punto di vista sentimentale, ed è interessante notare come nell'anime questo avvenga fra Tate e Reito, con Mai fra i due.

- Haruka nel manga è una HiME, mentre non lo è Yukino.

- Shizuru non è una HiME, ma solo la presidentessa del consiglio d'istituto.

- Reito non compare affatto. Il Principe di Ossidiana è Takumi, il fratello di Mai.

- Alyssa è nientemeno che la sorella minore di Natsuki.