Mai Tokiha, una giovane studentessa, inizia il nuovo anno scolastico cambiando istituto, insieme al suo fratello minore Takumi. Mentre si sta trasferendo via nave alla nuova scuola, si imbatte in una giovane ragazza armata di una spada, cui per un colpo di fortuna riesce a salvare la vita.

Poco dopo la nave viene presa d’assalto, e Mai si ritrova nel bel mezzo di un feroce duello fra la giovane e Natsuki, una ragazza misteriosa che sembra voler impedire il loro arrivo alla nuova scuola. Il combattimento è talmente furibondo che la nave stessa ne rimane gravemente danneggiata, e naufraga. Dopo aver rischiato di annegare, Mai si risveglia il mattino seguente, distesa sul prato di fronte alla nuova scuola.

Intorno a sè un profondo solco nel terreno, circolare, che si snoda allontanandosi in direzione del mare. Accanto a sè trova Mikoto, la ragazza che aveva soccorso, svenuta, e la sua spada piantata nel terreno. E' in questo modo che inizia la storia di Mai-HiME, travolgendoci e gettandoci all'interno del mondo del Fuuka Gakuen.



Sopravvissuta alla tragedia, Mai infatti si trova ben presto al centro di una serie di avvenimenti che la vedono legarsi a Kagutsuchi, una creatura meccanica che sembra un ibrido fra un drago ed una fenice, e che le viene presentata come l'unica risorsa a sua disposizione per difendersi dagli assalti degli Orphan, creature mostruose che sembrano inseguire suo fratello Takumi per fargli del male.

Nel frattempo seguiamo le vicende di Natsuki, che si rivela a propria volta essere una studentessa del liceo, apparentemente svogliata e letteralmente incapace di seguire giorno dopo giorno le lezioni, trovandole troppo poco interessanti. In realtà, la ragazza si rivela essere impegnata in una missione del tutto privata; il suo obiettivo è quello di scoprire tutto il possibile sul Primo Distretto, un'organizzazione segreta che sembra sia responsabile dell'omicidio di sua madre.

Ma gli interrogativi crescono ancora quando gli Orphan si concentrano intorno al Fuuka Gakuen ed alle tre protagoniste, attaccando con sempre più potenza loro e le persone cui vogliono bene.



Quale potenza può essere responsabile di simili attacchi, ed è possibile che un unico responsabile trami nell'ombra per causare il male delle ragazze? E soprattutto, cosa o chi sono le HiME, e che c'entra con il destino del mondo la capacità di riuscire a vedere una stella rossa accanto alla luna?

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